以釋入莊，揭橥“以小學通義理”旗幟:阿賴耶識譯義為藏，阿陀那識譯義為持，莊子言“靈府”即阿賴耶(府，文書藏也），言“靈台”即阿陀那(靈台，謂心有靈智，能任持也)，《庚桑楚》篇言靈台有持者，即阿陀那識持一切種子。太炎之齊物哲學吸收了唯識學對真如與“神我”的辨析，從根本上否定了“唯我論”；根據《起信論》“覺迷相依”之理，以“黃金有識”(阿賴耶識、末那識、身識）證成“無情有性”——有情無情衆生之别，在于是否具有第六識，而非第八識。又借華嚴“無盡緣起”思想，貫通闡釋“萬物與我為一”：在無盡真如的交相統攝之中，“獨”與“群”、自由與平等的矛盾得到了真谛意義上的調和。齊物哲學寄寓了太炎對中國文化曆史命運的深切關懷，在俗谛層面，源自《老子》的“百姓心”亦可凝聚為集體性的精神存在——衆同分心。