就在這時，潛艇突然劇烈搖晃。

警報聲響起，屏幕上顯示有不明物體正在靠近。

工藤新一透過觀察窗望去，隻見數十艘印着組織烏鴉标志的潛艇破水而來，發射的魚雷在海水中劃出緻命的軌迹。

“他們來了。”赤井務武迅速操作控制台，潛艇開始下潛。

赤井務武調出琴酒的基因圖譜，“琴酒将自毀程序密鑰藏在你我體内，現在是時候啟動了。但在此之前，你必須知道全部真相。”

老荷官按下某個按鈕，艙室的牆壁上浮現出一段塵封的記憶。

畫面裡，年輕的宮野艾蓮娜正在實驗室裡忙碌，她的面前放着兩個培養皿，分别裝着工藤新一和琴酒的基因樣本。

“烏丸蓮耶的計劃比我們想象的更可怕。”赤井務武的聲音傳來，“他不僅要穿越時空，還要改寫曆史。而阻止他的關鍵，就在你和琴酒的羁絆之中。”

潛艇下潛到更深的海域，四周的水壓讓艙體發出不堪重負的呻／吟。

工藤新一感覺後頸的紋路與琴酒的戒指産生共鳴，某種神秘的力量正在覺醒。

他想起琴酒在海底基地說的話：“用你的時空粒子，和我的基因共鳴。”

“我該怎麼做？”少年偵探握緊拳頭，目光堅定。赤井務武将一枚芯片插入控制台：“将你的時空粒子與潛艇的核心系統連接，再用琴酒的基因密鑰啟動自毀程序。但這樣做，你可能永遠無法回到原來的時空。”

工藤新一沒有絲毫猶豫，将戒指嵌入啟動鍵。藍色的光芒瞬間籠罩整個艙室，他的意識被拉入數據流的海洋。

在那裡，他看到了無數個平行時空的自己和琴酒，有的并肩作戰，有的刀劍相向，而所有的時間線，都指向一個共同的終點。

“新一！”琴酒的聲音突然在意識中響起。工藤新一轉頭，看到黑衣男人站在數據流的盡頭，身上的傷口還在滲血，灰眸中卻帶着從未有過的溫柔，“别害怕，這不是結束。”他伸出手，無數記憶碎片從他掌心飛出，與工藤新一的時空粒子融合。

現實中，潛艇的自毀程序開始啟動。

赤井務武将最後一份加密文件塞進工藤新一手中：“這是烏丸蓮耶的全部罪證。帶着它離開，找到真正的宮野志保。”老荷官啟動了逃生艙，将工藤新一推進去。

“那你呢？”少年偵探在艙門關閉前大喊。赤井務武露出釋然的微笑，舉起手中的懷表，表盤上的鸢尾花與潛艇的自毀裝置同步閃爍：“我和琴酒的父親，終于可以完成二十年前未竟的事業了。”

逃生艙彈出的瞬間，工藤新一看到潛艇在海底爆炸，巨大的能量沖擊波将追兵盡數吞噬。

工藤新一握緊手中的加密文件，後頸的時空粒子與遠方的琴酒再次産生共鳴。在意識的深處，琴酒的聲音輕輕響起：“後會有期，名偵探。我們的故事，才剛剛開始。”

當逃生艙浮出海面時，工藤新一望着初升的朝陽，心中已經有了新的計劃。

他知道，這場與時間和命運的較量遠未結束，而他和琴酒，終将在某個時空的節點再次相遇，共同揭開黑衣組織最深處的秘密……